Com a nova Constituição, o país passou a ser governado pelo Diretório, controlado pelos girondinos. Entre os principais acontecimentos dessa fase, destacam-se: o cancelamento de muitas das medidas aprovadas no tempo da Convenção, como o sufrágio universal masculino; a continuidade da guerra contra diversos países, liderados pela Inglaterra; e o agravamento da crise interna, em virtude da desorganização da economia, da inflação e da corrupção por parte de setores do governo.
Em meio a essa crise generalizada, os líderes burgueses recorreram a Napoleão Bonaparte, na época um general de prestígio. Apoiado pelo exército e pela burguesia, Bonaparte deu um golpe de Estado contra o Diretório e assumiu o poder. Essa fato conhecido como o Golpe do 18 de Brumário de 1799, assinala o início de uma nova etapa da Revolução Francesa, na qual seus princípios se expandiriam por toda a Europa e várias regiões do mundo.